Wan Khair-il Anuar terkorban dalam nahas helikopter AS 350 dekat Sebuyau, Sarawak. Beliau sedang dalam perjalanan bersama beberapa pegawai kerajaan dari Betong ke Kuching pada 5 May 2016 apabila helikopter hilang hubungan. Serpihan telah dijumpai dekat Sungai Batang Lupar hari berikutnya.[6][7] Trajedi tersebut juga mengorbankan Dato' Noriah Kasnon, Timbalan Menteri Perusahaan, Perladangan dan Komoditi dan ahli parlimen Sungai Besar, Selangor.[8] Jenazah Wan Mohammad Khair-il Anuar telah diterbangkan balik ke Perak dan dikebumikan di Makam DiRaja Al-Ghufran dekat Masjid Ubudiah, Kuala Kangsar.[9]